전쟁 중에 돈을 벌 수 있는 유일한 직업이라는 이유로 군인이 된 가난한 남자, 보이체크.
하지만 그는 사람을 죽일 용기가 없다는 이유로 늘 고된 훈련을 받으며 상관인 대위에게 괴롭힘을 받고 있다. 그런 그의 유일한 위안은 고된 훈련이 끝나고 들으러 가는 마리의 노래 뿐. 하지만 마리 역시 자신을 멋대로 판단하 고 취급하는 사람들로 인해 몹시 지쳐 있는 상태.

그런 마리에게 꽃 한 송이 선물할 돈도 없어 괴로워하 던 보이체크는 대신 그녀가 자주 오는 강가에 꽃을 심기 시작하고, 오히려 그의 이런 모습이 마리를 사로 잡는다. 각자의 삶에 지쳐가던 중 서로에게 위안을 느낀 두 사람은 마침내 서로의 손을 잡고 영원을 약속하지만, 그들의 아이 한젤이 아프기 시작하면서 오히려 상황은 점점 나빠지기만 한다.

보이체크는 어떻게 해서든 한젤의 치료비를 벌기 위해 마리 몰래 군에서 진행되는 불법 실험에 참여하게 되고, 그 사실을 몰랐 던 마리는 보이체크에게 비밀로 하고 다시 노래를 하러 나간다. 하지만 그들이 아무리 애써봐도 상황은 나아지지 않고, 결국 한젤은 죽고 만다.

한젤의 죽음, 마리의 불신으로 완전히 한계에 몰린 보이체크는 결국 정신을 놓아버리고,
두 사람의 관계 역시 파국으로 치닫고 만다.

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